在提取花青素時，除了可以直接操作及應用花青素提取設備，花青素作為植物體內一類次生代謝物質，廣泛存在于植物花瓣、果實的細胞液組織及莖葉的表面細胞中。提取花青素時，常用有機溶劑提取，多數選擇甲醇、乙醇、丙酮或它們的混合溶劑對材料中的花青素進行溶解過濾。同時，常常在溶劑中加入少量無機酸或有機酸降低提取液pH，以防止其降解，常用酸有鹽酸、硫酸、碳酸等無機酸及醋酸、甲酸、檸檬酸等。甲醇、丙酮等提取劑雖有更高的提取效率，但易污染，清除成本大，而乙醇、檸檬酸等試劑提取率雖不高，但其易揮發、污染小，在食品產業中的應用更為普遍。有機溶劑提取法原理簡單，對設備要求較低，不足之處是大多數有機溶劑毒副作用大且提取率低。

    由于具有有機溶劑提取時間長，對熱不穩定成分易被破壞，雜質含量高，污染環境等缺點。單純的試劑提取很難充分萃取植物中的花青素，逐漸發展一些輔助方法，包括微波、超聲、加壓、超臨界、酶法等技術，以提高花青素的得率，縮短提取時間，改善提取物的質量。